Manusia modern (
Homo sapiens) diperkirakan telah meninggalkan benua Afrika kira-kira 120 ribu tahun yang lalu, sebagaimana hasil penelitian dari DNA mitokondria dan Y-kromosom yang diambil dari berbagai sampel dari bermacam-macam kelompok manusia di seluruh dunia.
Selama beribu-ribu tahun lamanya, umat manusia tinggal di Timur Tengah di daerah yang disebut "Bulan Sabit Subur" (
Fertile Crescent) hingga kira-kira sekitar 60 ribu tahun yang lalu, umat manusia mulai bermigrasi ke seluruh dunia, tidak terkecuali ke Indonesia.
(Catatan: hasil penelitian dengan menggunakan DNA mitokondria dan Y-kromosom telah mengakui adanya satu asal manusia, yaitu Nabi Adam dan Hawa, namun karena para ilmuwan menggunakan dasar teori "evolusi", tentu adanya "Adam dan Hawa" ini ditolak. Meskipun demikian, teori
Recent African Origin of Human merupakan teori terbaik saat ini untuk mengungkap sosok "Adam dan Hawa". Menurut para ilmuwan, umat manusia berasal dari Afrika, namun mengenai jejak kaki raksasa yang dikatakan sebagai jejak "Adam" di Puncak Sripada, Srilanka, masih dalam perdebatan.)
Gelombang Pertama (50.000-25.000 SM)
Ras Negrito (lihat artikel sebelumnya) diyakini merupakan penduduk pertama kepulauan Nusantara. Pada masa itu, tinggi muka air laut turun hingga 125 meter, sehingga Pulau Sumatera, Jawa, dan Kalimantan tergabung dengan Benua Asia, sedangkan Papua terhubung dengan Australia. (ingat, penduduk
manusia, bukan manusia purba seperti
Pithecantropus,
Homo erectus, dll.) Ketika itu, bangsa Negrito tidak hanya mendiami Indonesia, namun juga Semenanjung Malaya, Kepulauan Andaman, hingga Filipina. Bangsa ini membawa budaya Paleolitik dengan kehidupan nomaden dan diperkirakan telah mampu mengarungi lautan menggunakan rakit bambu sederhana.